如果医疗机构在未经许可的情况下进行非法微整形手术，造成严重后果，那么他们可能会被判刑。根据我国《刑法》的规定，未获得医生执业资格的人进行非法行医，如果情节严重，可能被判三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；如果严重损害了患者的身体健康，可能被判三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。